An der Stelle des heutigen Gebäudekomplexes St. Nikolai stand einst ein Kapuzinerkloster. Dieses wurde zwischen 1629 und 1633 samt einer dem Hl. Ludwig geweihten Kirche errichtet. Als 1786 die alte Pfarrkirche St. Nikolai - sie stand an der Stelle der heutigen Friedensschule ausbrannte, wurde die Kapuzinerkirche eine Pfarrkirche und in St. Nikolai umbenannt. Das Kapuzinerkloster wurde zum Teil abgerissen, die Kapuzinerpatres übersiedelten in das aufgelassene Minoritenkloster (heutige Khevenhüller Schule), schon zwei Jahre später, im Jahre 1786, kam es zur Aufhebung des Kapuzinerordens.

Und 100 Jahre danach kam es wieder zur Neuansiedlung eines Ordens in St. Nikolai. Im Jahre 1886 kamen Franziskaner aus der Tiroler Franziskanerprovinz nach Villach. Die als Pfarrhaus dienenden Reste des ehemaligen Kapuzinerklosters wurden erweitert, durch zwei neue Trakte mit der Kirche verbunden, und damit ein neues Kloster geschaffen. Durch das Anwachsen der Pfarrbevölkerung war es notwendig geworden, eine größere Kirche zu erbauen.

1892 wurde mit dem Abbruch der alten Kirche begonnen, 1896 fand die feierliche Weihe der jetzigen Nikolaikirche statt. Die Pläne für den Kirchenbau stammen von Prof. P. Johannes Maria Reiter, den Bau führte die lnnsbrucker Firma Hutter durch.

Im Zweiten Weltkrieg erlitt die Kirche schwere Schäden durch die Bombenabwürfe in Villach, Fenster und Dach mußten 1945 komplett erneuert werden. In den Jahren 1967, 1984 und 1995 erfolgten große Kirchenrestaurierungen, im Jahre 1981 wurde die Krypta für den gottesdienstlichen Gebrauch adaptiert.

Blitzlichter aus der Villacher Kirchengeschichte anhand einiger Jahreszahlen

600-811

Nachdem schon unter römischer Herrschaft das Christentum in Kärnten Einzug gehalten hatte, kam es mit der Besetzung dieses Landstriches durch heidnische Slawen (um 600) wieder zur Entchristlichung. Erst um 760 wurde Karantanien/Kärnten von Salzburg aus wieder neu missioniert, ebenso geschah dies in jener Zeit von Aquileia her.

Auch im Gebiet von Villach kam es vermutlich zu Konflikten zwischen den Missionaren der beiden Bistümer: hier war Maria Gail eine alte Gründung des Patriarchats Aquileia und St. Ruprecht am Moos eine Salzburger Gründung. Im Jahre 811 erklärte Kaiser Karl der Große die Drau als Grenze zwischen den beiden Kirchenprovinzen, die folglich das Stadtgebiet in zwei kirchliche Teile trennte.

979-1244

979 wird Bischof Albuin von Brixen mit dem Hof in Villach belehnt (erste urkundliche Erwähnung von Hof, Burg und Kirche Villach). Im Jahre 1007 erhielt das durch Kaiser Heinrich II. gegründete Bistum Bamberg zahlreiche Besitzungen in Kärnten, darunter den Villacher Königshof mit Kirche. In Urkunden von 1197 bis 1235 wurden die Bamberger als weltliche Herren der Kirchen St. Martin, St. Jakob und St. Peter/Perau bestätigt, 1244 erfolgte die endgültige Eingliederung dieser Kirchen in die Pfarrordnung Aquileias. Villach lag somit an einer Nahtstelle von drei Einflußsphären: zwei Kirchenfürsten (Salzburg und Aquileia) übten geistliche Macht aus, der Bamberger Bischof war aufgrund der seinerzeitigen Schenkungen Grundherr von Besitzungen auf Villacher Boden.

Wie im Salzburger Bereich gab es auch im Diözesanteil von Aquileia, zu dem der größere Teil von Villach gehörte, sogenannte Erzdiakone. Ab dem 12. Jahrhundert sind diese Vorgesetzte über alle Oberkämtner Pfarren südlich der Drau geschichtlich nachgewiesen. Sie hatten ihren Amtssitz in Villach-Maria Gail, Villach-St.Martin, Villach-St.Jakob, sowie in Ossiach, Arnoldstein und St. Jakob im Rosental.

1523-1615

Zur Mitte des 16. Jahrhunderts ist im Villacher Raum die Blüte des Protestantismus anzusetzen. In dieser Zeit waren hier die lutherischen Prediger neben den katholischen Priestern tätig. Doch die neue Konfession gewann immer mehr an Boden, 1563 wurden nur noch zwei kleinere Gotteshäuser katholisch geführt.

Von Seiten des Kaisers und des Papstes kam es gegen Ende dieses Jahrhunderts zu Gegenmaßnahmen. Im Zuge der Gegenreformation wurde die seit 1526 lutherische Kirche St. Jakob 1594 wieder von Katholiken in Besitz genommen und die lutherischen Pfarrer Villachs vertrieben. Als letzter protestantischer Prediger verließ jener von Maria Gail 1615 den Raum Villach, in dem sich der neue Archidiakon (der vorherige war auch lutherisch gewesen) bemühte, die katholische Kirchenordnung wieder zu errichten.

1751-1857

Zur Zeit der Kaiserin Maria Theresia kam es 1751 zur Auflösung des Patriarchats Aquileia und zur Teilung in die Diözesen Udine und Görz, Villach gehörte zum Görzer Bistum. Im Zuge der Diözesanregulierung von 1786 unter Joseph II. wurden alle Rechte der Diözesen Salzburg, Görz und Udine annulliert und die erweiterte Diözese Gurk übemahm das Gebiet Kämten mit Ausnahme jenes Teiles der 1228 gegründeten Diözese Lavant. Villach gehörte von nun an zur Diözese Gurk mit Ausnahme der Franzosenzeit, während der es für die Jahre 1812 bis 1814 zur Diözese Laibach geschlagen wurde.

1953-1972

Die stetig wachsende Bevölkerung von Villach erforderte neben der Arbeit in den Pfarren auch eine darüberhinausgehende Seelsorge, der Arbeitsbereich des Dekanates bekam immer mehr Gewicht. Schon im 9. Jahrhundert wurde der Begriff "Decan, Dechant" in einem Kapitular Kaiser Karl des Kahlen erstmals erwähnt. Dem Dechant oblag die Aufsicht über die Geistlichen und über die Erhaltung kirchlicher Gebäude. Das ehemalige Dekanat Villach umfaßte zur Mitte des 19. Jahrhunderts 19 Pfarren. 1953 wurde dieses große Gebiet, das bis Arnoldstein reichte und auch das Gegendtal umfaßte, in zwei Dekanate geteilt. Zu Villach-Stadt gehören seither die acht Stadtpfarren St. Jakob, St. Nikolal, St. Martin, Hl. Kreuz, Maria Landskron, St. Leonhard, St. Josef und Hlst. Dreifaltigkeit. Den Rest des einstigen Großdekanates bilden die 15 Pfarren des Dekanates Villach-Land.

Bei der Diözesansynode 1971/1972 wurde für die beiden Städte Villach und Klagenfurt die Realisierung einer "Stadtkirche" angeregt. Dies versuchten die Verantwortlichen zu erreichen, indem sie verstärkt die Zusammenarbeit der Pfarren förderten (z.B. im gemeinsamen Dekanatsrat) und Angebote für den ganzen Stadtbereich erstellten.