Bereits um die Mitte des 12. Jahrhunderts erfolgte der Baubeginn der monumentalen Stiftskirche. Der hochromanische Bau, 1202 eingeweiht, entspricht dem zisterziensischen Bautyp von Clairvaux I., dessen bekannteste erhaltene Verkörperung Fontenay darstellt.
Der zunächst wohl flach schließende Altarraum wurde in der 1. Hälfte des 14. Jahrhunderts um einen gotischen Chor erweitert und die Kirche erhielt einen massiven Mauerturm, im Anschluss an das Querschiff die Bernhardkapelle.

1843 erfolgte die Abtragung der westlichen Kirchenhälfte mit fünf Langhausjochen sowie der Fassade mit dem Rundbogenportal und erhielt dann erst die klassizistische Kirchenfassade.

Kunsthistorisch von höchster Bedeutung sind

• die Glasfenster von Viktring aus der Zeit um 1400 (darstellend die Passion des Herrn, das Marienleben und die Apostel)
• der 16 m hohe barocke Hauptaltar (1622)
• der Marmoraltar der Bernhardkapelle aus dem Jahr 1710 (neben den Altären im Klagenfurter Dom ein Sonderfall in Kärnten)
• die neu aufgefundenen Deckenfresken in der Bernhardkapelle ( Mitte des 15. Jahrhunderts)
• die reich geschmückte Orgel (1719)
• der Rest des Kreuzganges mit dem romanischen Kirchenportal (heute Sakristei)
• Grab- und Gedenksteine.

Geöffnet ist die Stiftskirche täglich von 7.00 bis 17.00 Uhr.