Die Hermagorer Orgel zählt zu den größten Orgeln aus der Werkstatt des Josef Grafenauer und ist zudem die einzige Orgel, die noch die originalen Prospektpfeifen besitzt. Sie ist eine der besterhaltenen des Egger Meisters Josef Grafenauer, deren weicher, runder und fülliger Klang eine breite Klangpalette bietet.

Der erste bekannte Orgelbau in der Hermagorer Pfarrkirche ist datiert auf das 18. Jahrhundert, als ein unbekannter Orgelbauer ein Werk mit fünf Registern auf einem Manual und mit angehängtem Pedal anfertigte.
Im Jahr 1860 baute Josef Grafenauer (1824-1889) aus Brugg bei Egg im Gailtal eine Orgel für die Hermagorer Stadtpfarrkirche. 1891 wurde das Instrument durch den Sohn des Erbauers Franz Grafenauer (1860-1935) instandgesetzt und auf „Normalton“ gestimmt. 1904 ist eine Blasebalgreparatur belegt.
Die Orgel selbst dürfte durch den Brand im Jahr 1904 keine Schäden davongetragen haben, zumal der Zugang zum Turm der Kirche rechtzeitig zugemauert wurde. Die Prospektpfeifen (die Pfeifen, die man bei der Ansicht der Orgel von außen sehen kann) mussten im Krieg nicht abgeliefert werden.

Im Jahre 1922 führte die Orgelbaufirma Novak eine Reparatur an der Orgel durch. Im Jahre 1964 fand im Rahmen einer Generalrestaurierung der Kirche auch eine größere „Renovierung“ durch die Firma Novak (Klagenfurt) statt. Immer wieder gab es Überlegungen, ein größeres Instrument für die Kirche anzuschaffen. Man sprach sich letztlich dagegen aus, im Jahre 1997 wurde die Grafenauer-Orgel von der Orgelbaufirma Ottitsch (Ferlach) vorbildlich instandgesetzt. Im Zuge dessen
wurde auch die Balganlage erneuert und in den Innenraum der Kirche verlegt. Nach einer weiteren Wartung im Jahre 2019 erfreut sich die Kirchengemeinde an ihren wunderbaren Klängen.

Schon seit dem Jahre 1982 sitzt unser Organist Bernhard Plattner bei jeder Sonntags-, Feiertags- oder Vorabendmesse an der Orgel und lässt sie erklingen. Danke Bernhard!